天智天皇の後継は、既に御在位中から皇太子の大友皇子と天皇の弟の大海人皇子との間で、対立が予想されていた。672年、皇位の継承をめぐって大友皇子と大海人皇子の間で1か月に及ぶ内戦が展開され、その結果は、大海人皇子派が勝利した。いわゆる壬申の乱である。
　大海人皇子は、673年1月、飛鳥浄御原宮で即位し、天武天皇となる。

　天武天皇は武力で皇位を獲得した。そのため足元をたしかにするため、宮廷内の反対派官僚は、当然一新された。そのため天智天皇のもとで出世した藤原氏は、宮廷において逆境にさらされることになったと思われる。
　天智天皇から天武天皇にかけて、国家の上級人事がどのように変わったかを｢公卿補任｣から表-1にあげる。鎌足の息子の藤原不比等は、まだ地位を得ていなかったことがわかる。それがその後に、幸いしたと思われる。

　公卿補任は、天武元年しか記載していないが、既に、最高人事の欄がすべて空欄になっている。
　左右大臣は、天智天皇のときから横滑りのように見えるが、此れは暫定的なものに過ぎない。左大臣・蘇我赤兄、御史大夫・巨勢毘登臣とその子孫、および中臣金連、蘇我果安臣の子まで配流された。中臣金連は切られ、蘇我果安臣は自決した。

●藤原氏の復活のナゾとき　　
　壬申の乱の後、蘇我連子臣、藤原鎌子は、既に亡くなっていたが、若し存命していれば死罪をまぬがれなかったと思われる。天智天皇の子の大友皇子は壬申の乱で自決し、側近たちはすべて天武天皇により根絶やしに粛清された。
　藤原鎌足の子の不比等は、壬申の乱のときまだ13歳であり、朝廷内に地位を得ていなかったことが幸いしたと思われる。

　藤原不比等が、再び朝廷の中で有力な地位を占め始めるのは、壬申の乱から40年以上をへた、元正天皇の西暦715頃からのことである。
　藤原氏が台頭してくる最初は、鎌足の子の不比等からである。彼は鎌足に似て非常に優れた官僚であり、文武天皇、元正天皇の下で、大宝律令、養老律令を編纂し、律令国家の仕上げを行なうという大きな功績を残した。

　さらに、朝廷内に藤原不比等をめぐる人間関係が形成されていった。その大きな原因は、文武天皇の皇后として不比等の娘の宮子姫が入内し、さらに、天武天皇の頃から内命婦として宮中に勢力をもっていた橘三千代が、不比等の妻となったことにある。
　その橘三千代の娘は後の光明皇后であり、藤原氏と皇室との密接な関係はこの頃から始まった。

　近江律令以来、わが国の律令編纂における鎌足，不比等の功績は非常に大きかった。
　それを図表-2にあげる。

　このように律令国家の創設に大きな役割を果たした藤原氏が、次には荘園制の拡大とともに律令制の解体の主役となっていくのは、歴史の皮肉を物語るものである。